コーヒーは、木になっている時点では赤い小さな果肉に覆われており、この状態のものを「コーヒーチェリー」と呼びます。
果肉はほのかに甘酸っぱく、生産地の子供が収穫を手伝う傍らでおやつ代わりにつまんだりすることもあるそうですが、フルーツとして流通するほどの味や香りではありません。
この果肉を剥くと、粘液質（ミュシレージ）に包まれたコーヒー豆が二つ、平らな部分を向かい合わせにして入っています。
コーヒー豆それぞれを、パーチメント（内果皮）、その下にシルバースキンと呼ばれる保護層が覆っていて、これらを脱殻することで生豆の状態になります。
コーヒー豆を横半分に割ると、平らな部分の中心で内側に巻き込むような形をしていることが分かります。
この巻き込み部分をセンターカットと呼びます。
稀に、二つの種のうち一つが成長せず、圧迫されなかったもう片方が膨らんで、ちょうど大豆のように楕円形になっている生豆もあります。
これはピーベリーと呼ばれ、通常の豆の中に少量混じっていると生焼けになってえぐみの基となるのでハンドピックなどで取り除かれます。
ただし、近年ではこのピーベリーだけを集めた商品もわずかながら見られるようになってきているらしく、その希少さから良質なものはかなり高額で取引されているそうです。
コーヒー豆の中身はほぼ均一な状態で、構造的に変わったものは見られません。
そのため生豆を適正に焙煎すると、挽いたときに粉全体がほぼ均質になります。
コーヒー豆の細胞は、他の植物と同じように細胞膜を細胞壁が取り囲んでいる構造ですが、コーヒーの場合この細胞壁が特に硬く頑丈です。
そのため、焙煎によって水分が飛ぶと細胞内の隙間にガスが封入された状態になり、お湯を注いだときにこのガスが解放されて粉が膨らむのです。
深煎りの場合、この細胞壁が熱と内圧によって崩れてしまうまで加熱し続けますので、中に残るガスが少なくなり膨らみにくくなります。